Томати не повинні мати наступних дефектів, серйозність яких залежить від умов вирощування та сприйнятливості різноманітних сортів до різних хвороб.
- Верхівкова (апікальна) гниль плодів томатів : уражені хворобою ділянки тканин, коричневого або чорного кольору, що знаходяться на кінчику плоду, на протилежному боці від плодоніжки, виникнення яких головним чином пов'язане із дефіцитом елементів живлення (вміст кальцію у сухій речовині менше 0,08%), що частіше за все пояснюється ознаками нестачі води, надлишку амонію або поєднанням усіх трьох факторів одночасно.
- Внутрішній некроз томатів викликає посіріння або почорніння тканини та насіння томатів тоді як зовнішня поверхня плоду не піддається ураженню. Як правило, це пов'язано із тимчасовою нестачею кальцію. Різновиди томатів, чутливих до апікального некрозу (наприклад, Spectra та Calypso), мають тенденцію розвиватися швидше, і саме тому потребують більшої кількості кальцію протягом коротшого періоду часу.
- Нерівномірне дозрівання томатів характеризується появою зеленувато-жовтих плям, що знаходяться переважно на зовнішній поверхні плоду. Ділянки томатів, які було уражено цією хворобою, страждають від низької концентрації органічних кислот, сухих та твердих речовин, крохмалю, цукрів та азотних сполук. Цю хворобу можна легко сплутати із вірусом тютюнової мозаїки томатів симптоми якого візуально дуже схожі. Як правило, це в першу чергу пов'язано із низьким рівнем калію, але також може бути зумовлено недостатньою кількістю сонячного світла.
- Золотиста плямистість томатів проявляється у формі невеликих плям на поверхні плоду, що надає йому потускнілого вигляду та зменшує термін його зберігання. Ця хвороба виникає в наслідок відкладень, що формуються з оксалатів кальцію під шкіркою плоду та посилюється за умов високої вологості. Зростання кількості хлоридів призводить до збільшення частоти появи золотистих плям на томаті.
- Зелені плечики : плечики на томатах на зовнішній стороні плоду бувають червоного або жовтого кольору, а відповідні внутрішні тканини білого кольору. Подібне відхилення трапляється унаслідок переривання або порушення процесу дозрівання плоду томатів (а не затримки самого процесу їх дозрівання). Безпосередній вплив сонячного світла (особливо всередині теплиць), надлишок вологи та недостатня кількість калію - все це може стати причиною виникнення цієї хвороби томатів.
- Сонячні опіки на томатах: з'являються у вигляді ледь помітних плям жовтого або білого кольору, поверхня яких за текстурою нагадує папір. Вони з'являються в результаті безпосереднього впливу на томат сонячного світла. Збалансоване підживлення томатів мінеральними добривами, зокрема азотом та калієм, забезпечує розвиток зовнішнього шару відповідної товщини, що захищає плоди від дії прямого сонячного світла.
- Розтріскування плодів томатів (концентричне або радіальне) : тріщини на томатах з'являються внаслідок різких коливань вологості та температури. Частіше за все, цієї проблеми, яка в основному стосується культур відкритого ґрунту, можна уникнути, підтримуючи вологість ґрунту на постійному рівні.